Жмагул Нугужинов  ведет огромную научно-исследовательскую и инжиниринговую деятельность, результат которой успешно внедряется в строительство и другие отрасли промышленности Республики Казахстан.

Созданный и возглавляемый им «Казахстанский многопрофильный  институт Реконструкции и Развития» (КазМИРР) при КарГТУ более 25 лет осуществляет научно-исследовательские, экспертные и проектно-изыскательные работы по обеспечению безопасности возведения и эксплуатации задний и сооружений по всей территории Республики Казахстан. По результатам работ института КазМИРР восстановлены, модернизированы, реконструированы и завершены строительства более 2000 объектов гражданского и промышленного значения.

За период научно-образовательной и производственной деятельности он подготовил свыше 6500 инженеров-строителей, более 100 кандидатов наук, докторов PhD  и магистров наук. Им создана научная школа в области надежности и инженерной безопасности сооружений, разработан комплекс действующих нормативно-технических документов РК по расчету и проектированию, обследованию и оценке, правилам эксплуатации и технического надзора за состоянием зданий и сооружений. Он является автором более 200 научных трудов, монографий, учебников для технических высших учебных заведений, большего количества государственных нормативно-технических документов на проектирование и строительство, патентов на изобретение и специальных технических условий на проектирование и строительство технически сложных и уникальных зданий и сооружений.

Под научным руководством Жмагула Нугужинова выполнено более 1500 научно-исследовательских работ по исследованию надежности и устойчивости строительных конструкций зданий и сооружений, более 1000 внедренных рабочих проектов по новому строительству, реконструкции и восстановлению зданий и сооружений гражданского и промышленного назначения по всей территории Республики Казахстан, а также осуществлено научно-техническое сопровождение проектирования и строительства практически всех уникальных и технически сложных объектов г. Астаны, начиная с Дворца Независимости РК и заканчивая объектами EXPO-2017 и самым высоким жилым комплексом в Центральной Азии «Абу Даби Плаза». 

За добросовестный труд и достойный вклад в индустриально-инновационное развитие страны, Нугужинов Ж.С. награжден медалью «Ерен еңбегі үшін», а так же нагрудными знаками: «Заслуженный деятель науки Республики Казахстан», «Почетный работник образования РК», «Почетный строитель РК».